원총 공석 사태가 지속됨에 따라 학술논문투고 및 학술대회발표 지원 제도가 계속해서 정지될 전망이다. 학술논문투고 및 학술대회발표 지원 제도는 대학원생들이 지불한 학술연구비를 활용해 총학생회 측에서 진행해왔다. 이 사업은 소정의 절차에 따라 학술지에 논문을 투고하는 대학원생에게 20만원을, 국내·국제 학술대회에서 발표하는 대학원생에게는 기준 최소 4만원에서 최대 40만원까지 지원한다.
   동국대는 원총 공석으로 인해 2018년도 학생회비 및 학술연구비를 작년 11월 중순부터 대학원생들에게 환불해왔고, 이번 학기에 학생회비와 학술연구비를 징수하지 않았다. 원총 공석 사태가 대학원생들의 논문 지원 제도에 제동을 건 셈이다.
   이에 대해 학생처 관계자는 “32대 前 원총 회장 신정욱이 학술연구비를 대학원 소관에서 총학생회 소관으로 이전했기에 손 쓸 방법이 없다”고 밝히며 학술연구비 관리에 대한 총학생회의 투명성에 대해서도 의문을 표했다. 또한 2017년 말 이뤄진 33대 前 원총 강제 퇴거 과정에서 학술연구비 통장이 분실되어 그 행방과 예산의 활용여부까지도 불분명한 지경이다.
   또한 일반대학원은 지난해 5월 학술지 논문게재 장려금 지원기준을 변경, 기준에 따라 축소했다. 『VISION 2020』이라는 발전계획에 따라 대학원 연구경쟁력을 강화한다는 목적이다. 『VISION 2020』은 2015년 8월 동국대가 융합 콘텐츠를 창조하는 지식인의 도량이 되기 위해 제시한 거시적인 계획이다.
   이 계획을 근거로 학교 측은 대학원생 주저자의 논문을 교신저자 없이 게재할 경우 지원금의 50%만 지급하는 것으로 변경했다. 과거 교신저자와 관계없이 본인이 주저자인 경우 책정된 지원금을 모두 받을 수 있었던 점에 비해 눈에 띄게 변화한 것으로 보인다.   
   교신저자는 흔히 프로젝트의 총괄 책임자로 인식된다. 따라서 장려금 제도의 변경은 교수와 대학원생 간의 협업을 기대하는 것으로 보인다. 이를 통해 전임교원 연구실적의 양적 증가를 기대할 수 있다. 다만 대학원생 단독으로 쓰는 논문에 대한 지원이 줄었다는 점에서는 원우들의 독립적이고 다양한 시도, 그에 따른 연구결과에 대한 기대는 다소 줄어들 우려가 있다.
   논문게재 장려금은 국제·국내저명학술지 종류에 따라 최소 50만원에서 최대 200만원까지 지급되며, 국제저명학술지 Q1이상은 20%, Q2이상은 10%의 가산금을 지급한다. 장려금 지원대상은 일반대학원 재학·휴학·수료생이며, 수료생의 경우 수료일 기준 연간 3편 이내를 3년간 지원한다.