대학원(일반/특수/전문)의 수업료가 1.5%, 정원 외 ‘외국인 학부 및 대학원(일반/특수/전문)’의 수업료가 각각 3.0%로 각각 인상되었다. 학부 등록금의 경우에는, 이전과 마찬가지로 동결되었다.
   대학원 총학생회는 등록금심의위원회에서 “수강료 수입의 증가 추이, 수업료 산청 근거의 불확실성, 대학원생 수업료 마련 제도의 부족, 학교-학생간의 소통과 화합 등을 근거로 등록금 인하 또는 최소 동결”을 요구했다. 하지만 학교 측은 “시설 보수 수요 증가, 조교 임금 등 처우 개선, 기금 수입 감소”를 근거로 들며 인상 입장을 고수했다고 전해진다.
   2014년부터 2016년까지의 3년을 제외하고 대학원 등록금의 경우는 10년동안 꾸준히 오르고 있었다. 학부 등록금만이 10년간 동결상태였다. 동국대 예산 명세서를 통해 최근 3년간 등록금 현황을 검토한 결과, 대학원 등록금은 2015년 기준 최고 “약학 계열 6,949,000원”이며 최저 “인문·사회 계열 4,735,000원”이었다. 2016년은 동결되어 이전년도와 동일하며, 2017년에 들어 최고 “약학 계열 7,053,000원”, 최저 “인문·사회 계열 4,806,000원”으로 인상되었다.
   2017년 외국인 대학원생 등록금은 최고 “약학 계열 7,157,000원”, 최저 “인문·사회 계열 4,877,000원”이며, 2017년 외국인 학부생 등록금은 최고 “약학 계열 5,827,000원”, 최저 “인문·사회 계열 3,573,000원”으로 명시되어 있다. 동결된 학부 등록금은 2017년 기준 최고 “약학 계열 5,658,000원”, 최저 “인문·사회 계열, 3,469,000원”이다.  2015년부터 2017년까지 최근 3년의 예산 명세서를 보면,  2015년과 2016년에는 ‘외국인 대학원생’이나 ‘외국인 학부생’과 같은 항목이 따로 없었으나, 올해 2017년부터 해당항목이 추가되었다. 이는 등록금 인상으로 인한 것으로 보인다. 이번 등록금 인상 건에 대해서 “대학원생이나 외국인 학생이 상대적으로 목소리가 작은 것을 염두에 두고 의도적으로 진행한 게 아닌가”하는 우려의 목소리도 있다.